Fou fundada entre el 1001 i el 1007 pel comte Guifré II de Cerdanya i Conflent. La comunitat, dirigida pel monjo Esclua —que fou el constructor de les primeres edificacions—, ja hi residia el 1004; el 1009 el bisbe Oliba d’Elna consagrà l’església dedicada a sant Martí, santa Maria i sant Miquel. El 1014 Esclua fou consagrat, a petició d’Oliba, abat de Ripoll i de Cuixà, considerat pels monjos del Canigó com llur pare espiritual. Continuaren les obres i hi hagué una nova consagració de l’església el 1026. El 1035 s’hi retirà el comte Guifré i hi morí el 1049 (fou enterrat a la tomba que ell mateix s’havia cavat a la roca, prop del campanar); el 1332 les seves restes foren traslladades a l’església abacial.
Detall del claustre
JoMV
El Canigó esdevingué un monestir santuari i lloc de pelegrinatge gràcies sobretot a les relíquies de sant Galderic, patró dels pagesos catalans, que posseïa des del 1014. En aquesta època florent foren aixecades les principals construccions (cripta, església abacial, campanar, claustre).
La comunitat començà a decaure al segle XIV (el nombre inicial de 12 monjos, doblat als segles XII i XIII, no fou mai més assolit). Fou abandonat voluntàriament el 1783; la liquidació dels seus quantiosos béns acabà el 1788 amb la cessió dels banys de Vernet; els objectes del culte foren repartits entre les parròquies veïnes; la tomba comtal, traslladada a Castell de Vernet, fou profanada durant la Revolució Francesa. Seguiren anys d’abandó en què desaparegueren molts elements decoratius.
El 1902, el bisbe de Perpinyà Juli Carsalade du Pont l’adquirí i n’inicià la reconstrucció, en la qual col·laborà tot Catalunya.
Vista parcial de la nau principal de la cripta
JoMV
La cripta o església inferior correspon a la primitiva obra; és molt simple, de tres naus, i dedicada a santa Maria. L’església superior, dedicada a sant Martí, correspon, com el campanar, a l’obra consagrada el 1026; és també de tres naus, amb volta a la nau central, columnes monolítiques de fust cilíndric, sense base i amb capitells gairebé cúbics, decorats amb temes animals i vegetals de factura primitiva. Un arc toral de reforç divideix l’àmbit del temple. El campanar, massís i de planta quadrada, és també romànic, de cinc pisos d’alçada, amb finestres als dos pisos superiors. El claustre inferior era obra del segle XI, i el superior, dels segles XII i XIII; tenia capitells de marbre de rica temàtica romànica; fou molt modificat en la restauració del segle XX (no tots els capitells foren retrobats). Des del 1989 la comunitat de les Benaurances s’hi establí i hi impulsà recessos vocacionals i la recuperació del patrimoni.