Durant el seu govern, el bandolerisme assolí un moment crític amb les infiltracions d’hugonots i la revolta de Joan Cadell (1592). Actuà de forma autoritària prescindint sovint de les constitucions. Per pressió de la duquessa de Cardona, Joana d’Aragó, fou nomenat virrei de Sicília (1598-1601). En morir, li succeí en aquest càrrec el seu fill Jorge de Cárdenas y Manrique (mort el 1644).