Entrà a la Sainte-Chapelle el 1532 i fou nomenat mestre de l’escolania cap al 1542. Deixeble de Josquin des Près, Certon escriví algunes de les seves misses a quatre veus segons la tècnica de la missa-paròdia. Els seus motets, una cinquantena, tenen un valor desigual. Les seves obres més significatives, inspirades en la monodia i en els ritmes de la música popular, pertanyen al gènere de la chanson a veus soles.