Ja a setze anys escriví una memòria defensant que la llengua copta era una forma tardana de l’antiga llengua egípcia. Sobre aquesta base, i treballant sobre els jeroglífics, l’any 1824 publicà el Précis du système hiéroglyphique des anciens égyptiens, figuratif, idéographique et alphabétique, clau del desxiframent de l’escriptura egípcia antiga (aconseguit, sobretot, gràcies a la famosa pedra de Rosetta), que produí una gran sensació i obrí la porta a l’estudi sistemàtic de l’egiptologia. El mateix any fou nomenat director del museu egipci del Louvre, i el 1831 fou creada, especialment per a ell, una càtedra d’egiptologia al Collège de France. Morí jove sense poder acabar la gramàtica i el diccionari egipcis que preparava i que foren publicats pòstumament pel seu germà Jacques Champollion (1778 — 1867) el 1836 i el 1841.