Les seves estades a Sigüenza i a Guadalajara el familiaritzaren amb l’obra de Lorenzo Vázquez. La seva obra presenta dues etapes: a la primera, plateresca, predomina l’element ornamental (palau arquebisbal d’Alcalá; capella dels Reyes Nuevos, a la catedral de Toledo; sagristia de la catedral de Sigüenza), i a la segona predomina l’element constructiu (palau arquebisbal i porta nova de Bisagra, de Toledo). La transició d’una etapa a l’altra és situada el 1537, que Covarrubias fou nomenat, amb Luis de Vega, arquitecte dels reials alcàssers.