Té l’origen en el sistema dual de bancs centrals establert després de la Segona Guerra Mundial (1948) pels aliats occidentals a la República Federal d’Alemanya, que substituïa el Reichsbank (dissolt el 1961) i que constava de dues branques: els bancs centrals dels Länder , i el Bank deutscher Länder, que coordinava els anteriors a través del Consell del Banc Central i emetia moneda i era, a més, independent del Govern. L’any 1951 deixà d’estar controlat pels aliats.
A partir d’aquesta estructura dual que integrà fou creat per llei l’any 1957, i exercí les funcions de banc central. Amb la reunificació d’Alemanya (1990), fou suprimit el Staatsbank, el banc central de l’antiga República Democràtica Alemanya, i les seves funcions transferides al Deutsche Bundesbank. A tot el territori vigí des d’aleshores el marc de la RFA. L’any 1993, amb l’aprovació del tractat de Maastricht, passà a formar part del Sistema Europeu de Banques Centrals, i el 1999, amb l’adopció de l'euro, passà a formar part del Banc Central Europeu i perdé gran part de les atribucions en política monetària. No obstant això, a causa del pes de l’economia alemanya a la zona euro, exerceix una gran influència en aquesta institució, especialment en les polítiques contra la inflació.