Té la finalitat d’estudiar la influència de l’activitat solar en els fenòmens geofísics. Destaca en l’estudi dels corrents tel·lúrics, l’electricitat atmosfèrica, l’activitat solar i geomagnètica, la sismologia i la ionosfera terrestre. Els arxius de les seves observacions són rellevants per la fiabilitat, l’antiguitat i la continuïtat. Tenen un especial interès els registres sísmics i ionosfèrics, els més exhaustius de l’Estat espanyol en el temps, i els meteorològics, que arriben fins el 1880.
És governat per la Fundació Observatori de l’Ebre, sense ànim de lucre. Té l’estatut d’institut universitari de la Universitat Ramon Llull (URL) i ha estat associat o coordinat amb el Consell Superior d’Investigacions Científiques (CSIC) des de l’inici d’aquest organisme. Manté també una estreta col·laboració amb l’Instituto Nacional de Meteorología (INM) des de 1920 (des del 2008 Agencia Estatal de Meteorología) i amb altres institucions, com l’Instituto Nacional de Técnica Aeroespacial (INTA) o els Instituts Cartogràfic i Geològic de Catalunya (ICC i IGC).
El febrer del 2021 s’aprovà modificar els estatuts de la Fundació Observatori de l’Ebre per integrar-la al sector públic de la Generalitat de Catalunya. Com a resultat d’aquests canvis, el conseller de Territori i Sostenibilitat passava a exercir la presidència de la Fundació i a formar part com a nou patró del patronat de la Fundació de l’Institut Cartogràfic i Geològic de Catalunya (ICGC).