Al principi, els viatges eren periòdics (anuals del 1543 al 1563, bianuals després, i molt menys freqüents i més irregulars des de la segona dècada del s XVII). Teòricament fou vigent fins els anys 1735-40. Aquesta flota oscil·là entre les trenta unitats i les cent unitats; obria la marxa la nau almirall, i la tancava la capitana; les naus mercants eren flanquejades per les de guerra, i el tot era precedit, uns quants dies o setmanes abans, pels avisos, naus més lleugeres que n'anunciaven l’arribada. Aquest sistema, destinat sobretot a protegir l’or i l’argent americans (principal font d’ingressos de la corona) contra corsaris i pirates, comportà una certa seguretat momentània, almenys amb vista a filibusters aïllats, però equivalia a renunciar al domini de l’Atlàntic i a transferir el perill corsari de mar a terra. Les feixuges pèrdues (del 1504 al 1650, més de 10 000 naus a l’anada i més de 7 000 a la tornada) no foren, a la llarga, eliminades. La imperícia creixent dels pilots del s XVII, la pèrdua de flotes senceres per fet de guerra (1628, 1657) i de moltes unitats en tempestes, i el retraïment dels armadors, que hi destinaven els vaixells més vells i els sobrecarregaven, accelerà la decadència de les flotes, en les quals, cada vegada més, les petites urques substituïen els vells galions. Tal sistema, àdhuc quan funcionava més bé, era excepcionalment lent (rotació de 14-15 mesos per l’Atlàntic i de 2 a 3 anys, pel cap baix —sovint, 4 o 5—, pel Perú) i, doncs, molt car: tant per la immobilització de mercaderies i pel freqüent podriment dels vaixells a causa de les interminables estades en aigües tòrrides com pels transports terrestres, esdevinguts llarguíssims, a causa de l’obligació de no embarcar ni desembarcar sinó en molt pocs ports (generalment, després dels ports andalusos i canaris, l’Havana, San Juan de Ulúa a Veracruz, Nombre de Dios o Portobelo, Cartagena i, al Pacífic, Panamà i El Callao). Així, malgrat beneficis del 300 i el 400% i sovint del 1 000%, el tràfic de la flota, excepte al s XVI, no arribava a un terç del tràfic il·legal. La Flota d’Índies solia seguir itineraris immutables: a l’anada, seguia el corrent de les Canàries, i després el gran arc dels alisis des dels 28° de latitud nord fins als 13-14°, a les Petites Antilles, d’on, abans del 1564, uns vaixells anaven a San Juan de Ulúa i uns altres a Nombre de Dios (més endavant la flota Nueva España i els galeones de Tierra Firme sortiren ja separats de la península); a la tornada, anava a cercar els vents de SW a NE al NE de les Bahames, fins al N de les Bermudes, des d’on baixava fins a les Açores.