Amb C.Percier, fou arquitecte oficial de Napoleó I i director de l’estil Imperi, no solament en arquitectura, sinó també en mobiliari i en decoració. Ambdós feren nombroses restauracions per a les principals residències reials antigues. Entre les seves construccions originals es destaquen l’arc de triomf del Carrousel (1806-10) i el projecte de la Rue de Rivoli (1805). El 1814 Percier es retirà i Fontaine treballà sol per a Lluís XVIII (projecte de la Capella Expiatòria, 1816-20) i per a Lluís Felip d’Orleans (galeria d’Orleans al Palais-Royal, 1829).