Membre del Front de Libération Nationale du Tchad (FROLINAT), s’hi enfrontà quan G. Oueddei n'esdevingué líder (1976) com a màxim dirigent de les Forces Armées du Nord (FAN, 1977). El 1978 entrà en negociacions amb el govern del general F. Malloum del FROLINAT, i ocupà la presidència del govern (1978-79). Un cop foragitat Malloum i desfet el govern central, ocupà el ministeri de defensa en el govern de transició (1980), però les diferències entre el FAN i el FROLINAT (que, era dirigit per G. Oueddei, rebia suport libi) menaren a una nova guerra civil.
La retirada de les tropes líbies (1982) permeté la victòria de les FAN, però Habré continuà una guerra intermitent contra els rebels d’Oueddei. Malgrat que el 1989 feu aprovar una nova constitució (1989) que el mantenia en el càrrec set anys més, el 1990 fou enderrocat pel seu cap d’estat major Idriss Déby, amb el suport de Líbia. Habré fugí al Senegal, on el 2000 hom intentà incoar un procés contra ell per unes 40.000 execucions i tortures sobre unes 200.000 persones al llarg del seu mandat (1982-90). El març del 2001 el tribunal d’apel·lació del Senegal corroborà la negativa a jutjar-lo.
Al llarg de la dècada següent les autoritats senegaleses en negaren reiteradament l’extradició, tot i que el 2005 fou posat sota arrest domiciliari. El mateix any, un tribunal de Bèlgica (emparant-se en la llei de jurisdicció universal d’aquest país) el declarà culpable de crims contra la humanitat, i el 2008 un tribunal del Txad el sentencià a mort en absència. A instàncies de les Nacions Unides, el 2012 instaren el Senegal a extradir Habré o a processar-lo. El juliol del 2013 fou establert amb el suport de la Unió Africana un tribunal especial a Dakar. El judici per tortures, crims de guerra i contra la humanitat, dels quals s'acusava Habré, tingué lloc entre el juliol del 2015 i finalitzà el 30 de maig de 2016. La sentència el declarà culpable de crims contra la humanitat, violació, esclavatge sexual i inducció a l'assassinat i el condemnà a cadena perpètua.