Té la seu a l’Antic Hospital de Santa Maria, edifici que des de mitjan dècada de 1920 deixà de fer funcions sanitàries i es convertí en Museu del Poble durant la Guerra Civil i en dipòsit de les confiscacions de la Generalitat, i que des del 1941 depenia del Servicio de Defensa del Patrimonio Artístico Nacional (SDPAN). L’origen de l’IEI està estretament vinculat al Caliu Ilerdenc. De fet, nasqué amb el propòsit de donar suport “científic” a la ideologia d’aquesta societat, bé que des del final de la dècada de 1960 se’n distancià. Regit per l’ordenament franquista, estigué adscrit al Consell Superior d’Investigacions Científiques. Disposa d’un museu arqueològic, d’una sala de documentació, bibliografia i ceràmica, d’una col·lecció geològica i paleontològica i d’una col·lecció del llibre lleidatà, cedida per R. Areny i Batlle. Des del 1943 publica la revista Ilerda i des del 1967 hi funcionà la Càtedra de Cultura Catalana Samuel Gili i Gaya.
El 1986 s’inicià un procés de reforma en consonància amb l’ordenament democràtic, i els nous estatuts foren aprovats a l’abril del 1993. Hom hi estableix que els òrgans de govern són la Presidència, la Junta Rectora, el Consell General i la Direcció. En la nova etapa, l’IEI està adscrit a la CECEL (Confederació Espanyola de Centres d’Estudis Locals, dependent CSIC) i a la CCEPC (Coordinadora de Centres d’Estudis de Parla Catalana), a més de mantenir convenis amb nombroses entitats cíviques, culturals i públiques, com ara l’Ajuntament de Lleida, la Fira del Teatre al Carrer de Tàrrega, la Universitat de Lleida o l’Institut d’Estudis Catalans. Convoca els premis d’investigació botànica Pius Font i Quer (1984), el d’investigació musical Emili Pujol (1990; des del 2009 també en castellà), el de fotografia Ton Sirera (2001), el de divulgació científica Humbert Torres (1984, conjuntament amb Òmnium Cultural), els premis literaris Talúries (1990) en les modalitats de prosa, poesia, teatre i, des del 2001, Raconte en Occitan (conjuntament amb el Conselh Generau d’Aran i la Càtedra d’Estudis Occitans, i que des del 2009 constitueix un certamen independent) i col·labora amb l’Ajuntament i la Diputació de Lleida en la convocatòria dels premis d’assaig i poesia Josep Vallverdú (1984) i Màrius Torres (1995).