Fou el resultat final d’una complexa crisi politicosocial, institucional i econòmica iniciada a la segona meitat del segle anterior. Entre les causes de fons que contribuïren a enrarir les relacions humanes del país caldria esmentar les rivalitats entre diversos sectors de la noblesa, la lluita entre la Busca i la Biga per ocupar el govern del municipi de Barcelona, les reinvindicacions dels pagesos de remença, que havien trencat l’estructura estable del camp català, i l’enfrontament polític, sobretot a les corts i per motius econòmics, entre els sectors privilegiats del país i la reialesa, que havia posat fi a la comunitat d’interessos de la centúria anterior entre la burgesia mercantil i la monarquia imperialista. Alguns d’aquests factors de trencament s’accentuaren després del compromís de Casp amb la introducció de la dinastia castellana, l’autoritarisme de la qual topà sovint amb la rígida estructura jurídica del Principat. El desheretament i l’empresonament de Carles d'Aragó (1640) per part de Joan II i l’enemistat sorgida entre Joana Enríquez i les autoritats catalanes mentre fou lloctinent del seu marit a Catalunya, després que la concòrdia de Vilafranca (juny del 1461) hagués prohibit al sobirà d’entrar a Catalunya, contribuïren a exaltar els ànims dels membres del Consell del Principat, que adoptaren una actitud bel·licista per mirar d’arribar a un acord amb la monarquia. Finalment, l’entrada de Joan II a Catalunya (presa de Balaguer, juny del 1462), trencant un dels punts principals de l’esmentada concòrdia, fou el pretext que esperaven les autoritats catalanes per declarar Joan II enemic públic i desposseir-lo de la corona. També contribuí a aquesta decisió el fet que Joan II hagués hipotecat a Lluís XI de França (tractat de Salvatierra i Baiona, març del 1462), en canvi d’ajut militar, els comtats de Rosselló i de Cerdanya. Quan la guerra ja era un fet consumat (setge de la Força Vella de Girona, on s’havien refugiat Joana Enríquez i el príncep Ferran, juliol del 1462), fracassà el darrer intent de concòrdia, patrocinat pel Regne de València (agost del 1462). A partir d’aquest moment el país restà dividit, tant geogràficament com políticament, en dos bàndols. D’una banda, els reialistes, sostinguts per Lluís XI de França i l’exèrcit del comte Gastó IV de Foix, pels remences, encapçalats per Francesc de Verntallat, i per un ampli sector difícil de precisar del partit buscaire; de l’altra, la burgesia bigaire, el Consell del Principat, reducte feudalitzat dels estaments privilegiats del país, i un nombrós sector popular, hàbilment instrumentalitzat sobretot per la fidelitat a Carles d’Aragó. La composició dels bàndols era complexa: membres de la jerarquia eclesiàstica i de la noblesa (fins i tot membres d’una mateixa família) lluitaren en bàndols oposats, i molts canviaren de grup durant la contesa, confusió ideològica que s’anà accentuant durant la guerra. Desposseït Joan II, el Consell del Principat —òrgan rector de la lluita pel bàndol antireialista—, que mai no imaginà la possibilitat d’estructurar el país segons un sistema de tipus republicà, mancat d’un suport militar, oferí la corona del Principat a Enric IV de Castella, el qual havent acceptat l’oferiment, es limità a trametre a Catalunya un grup d’homes mal armats i sense gens de disciplina i un lloctinent, Juan de Beaumont y Curten, un navarrès íntimament lligat amb Carles d’Aragó. Beaumont governà Catalunya, juntament amb el Consell del Principat, des del 1462 fins a la primeria del 1464. Durant aquest primer període de la guerra hi hagué els setges, sense èxit, de Girona (1462 i 1463) i de Barcelona (1462) per part dels exèrcits reialistes, i les pèrdues, per al Consell del Principat, de Tarragona (1462) —en aquesta població, l’any següent, el diputat Bernat Saportella, fugit de Barcelona, organitzà una diputació reialista, que perdurà durant tota la contesa—, Perpinyà i Cotlliure (1463). El Consell, però, intentà de frenar els èxits de Joan II mitjançant una política d’obertura a l’exterior, la qual tingué com a únic èxit el signament de la pau amb Gènova (1463), secular rival de Catalunya. A la sentència arbitral de Baiona, però, Lluís XI aconseguí que Enric IV desemparés els catalans, els quals hagueren de cercar un nou sosteniment militar i un nou rei que legitimés llur actitud de rebel·lia contra Joan II. La corona fou oferta al conestable Pere de Portugal, que es convertí, en acceptar, en Pere IV de Catalunya-Aragó (1464-66). La pugna continuada d’aquest amb la generalitat i el municipi de Barcelona per qüestions de jurisdicció judicial i política ensorraren en gran part la seva acció militar, empresa amb notable tenacitat: pèrdues, per al Consell del Principat, de Lleida i Vilafranca del Penedès (1464), Cervera, Amposta i Tortosa (1465) i desfeta a la batalla de Calaf (1465). D’altra banda, les defeccions favorables a Joan II, iniciades ja durant el regnat d’Enric IV, s’accentuaren, fins a crear un clima derrotista, que s’intensificà encara més els anys següents. Tampoc la mort del rei-conestable no significà, com hom pensava, la pau per a Catalunya. El Consell del Principat, escandalitzant les bones consciències d’amplis sectors del país i sembrant l’estupor arreu d’Europa, nomenà rei de Catalunya l’angeví Renat I de Provença (1466-72), pertanyent a un llinatge enemic de sempre de Catalunya. Aquest, que, com Enric IV, mai no visità el Principat, trameté el seu fill, el duc Joan II de Lorena, com a lloctinent i amb el títol de príncep de Girona. També aquest tingué greus dissensions amb la generalitat, i no pogué acomplir una acció brillant, malgrat la victòria assolida pels exèrcits francesos que entraren al Principat acompanyant-lo a la batalla de Viladamat (1467). La seva mort (1470) conferí la lloctinència al seu fill natural Joan de Calàbria, el qual visqué el període més calamitós de la guerra. Les continuades defeccions de personatges de primera magnitud (Juan i Bertran d'Armendaris, Pere Joan Ferrer i Destorrent, Joan de Sarriera i Joan Margarit i de Pau), la manca d’ajut del rei Renat i les dissensions internes entre el lloctinent i l’Església, la generalitat i el consell reial, i entre diversos sectors d’aquest mateix consell, juntament amb la impossibilitat de continuar gravant la població, absolutament empobrida, amb noves imposicions extraordinàries de guerra, provocaren un total descoratjament en el bàndol del Consell del Principat, d’altra banda aïllat diplomàticament per l’hàbil política de Joan II, i conduïren a la victòria militar dels reialistes. La capitulació de Pedralbes (octubre del 1472), que posà fi a la contesa, fou benigna per als vençuts; de fet, hom establí que no hi hagués ni vencedors ni vençuts: Joan II atorgà un perdó gairebé general, confirmà els privilegis de Barcelona i jurà les Constitucions de Catalunya. La guerra civil accentuà la greu crisi econòmica del Principat. El 1468 la taula de canvi féu suspensió de pagaments. El camp restà completament devastat per causa de les accions d’ambdós bàndols, i la tala d’arbres assolí notables proporcions. El comerç, ferit greument abans de la guerra, assolí un nivell de bescanvi encara menor, i triomfà la competència estrangera. La política de redreçament no fou iniciada fins el 1480, per Ferran II. En definitiva, la guerra civil posà fi, d’una manera ben tràgica, a l’edat mitjana al Principat.