Fill d’Elionor d’Alburquerque i de Ferran I de Catalunya-Aragó. Educat a Castella, no entrà a Catalunya fins a quinze anys. El seu pare el dotà d’un important patrimoni als Països Catalans —comtat de Ribagorça, ducats de Montblanc (1412) i de Gandia—, a Castella —ducat de Peñafiel, comtat de Mayorga i senyories de Castrojeriz, Lara, Medina del Campo, Olmedo, Cuéllar i Villalón— i a Navarra —Haro, Belorado, Briones i Cerezo—. Amb el títol de virrei de Sardenya i de Sicília passà en aquesta darrera illa (1415-16) per tal de fer cara als intents autonomistes d’alguns sectors del país.
En morir el seu pare (1416), retornà a Castella, a fi d’ocupar-se dels interessos familiars. El matrimoni amb Blanca de Navarra, hereva del regne (1420), significà una nova fita en la seva ambiciosa política peninsular. L’intent de dominar a Castella l’enfrontà amb el seu germà Enric d’Aragó, amb el qual no es reconcilià fins el 1425 —tractat de Torres de Arciel (Navarra)—. Així assolí la direcció dels interessos familiars a Castella.
Proclamat rei de Navarra, amb la seva muller, Blanca I (desembre del 1425), tornà a Castella i formà, amb un sector de la noblesa del regne i dels ordes militars de Calatrava i Alcántara, una poderosa lliga per tal d’oposar-se a Álvaro de Luna, el qual aconseguí de desterrar (1427); així esdevingué, bé que poc temps, amo de Castella. L’any següent, però, a petició de Joan II de Castella, hagué de cedir el lloc a Álvaro de Luna, i fou bandejat del regne. Això significà la guerra amb Catalunya-Aragó (1429-30) i el moment de més feblesa dels infants d’Aragó a Castella. Després d’una curta i no reeixida estada a Itàlia (1434-35) sostenint les pretensions del seu germà Alfons a la corona de Nàpols, assumí (1436) la lloctinença general d’Aragó i de València, des d’on intervingué novament en la política castellana.
En el tractat de Toledo (1436) ell i els seus germans recobraren una part de les rendes perdudes. Hom pactà el matrimoni, acomplert el 1440, de la seva filla Blanca d’Aragó amb el príncep d’Astúries Enric, hereu de Castella. La pugna del predomini en aquest regne entre Álvaro de Luna i els infants d’Aragó s’intensificà des del 1439. Aconseguí d’eliminar els enemics (cop d’estat de Rámaga, el 1443) i, sostenint-se en el seu gendre i en un sector de la noblesa, assolí, fins el 1445, el domini polític de Castella. El 1444 es casà amb Joana Enríquez, filla de l’almirall de Castella. El canvi d’actitud d’Enric, el qual arribà a declarar la guerra al seu sogre, féu desistir, però, de les pretensions castellanes els infants aragonesos (batalla d’Olmedo, març del 1445), els quals s’anaren desentenent progressivament de la política castellana, bé que encara acompliren un paper important durant la guerra entre Castella i Catalunya-Aragó (1448-53).
L’esclat de la guerra civil navarresa (1452) centrà l’atenció cap a aquest regne. Sostingué el bàndol dels agramontesos, oposat al dels beaumontesos, que feien costat a Carles d’Aragó, príncep de Viana, el qual, segons els seus partidaris, havia d’ésser proclamat rei i governador de Navarra en virtut dels pactes matrimonials de Joan amb Blanca. El rei sostenia, però, que la seva muller havia establert que Carles no prengués el títol de rei sense el consentiment patern. L’ajuda d’Enric de Castella als beaumontesos provocà la guerra d’aquest regne amb Navarra, que amb alts i baixos es perllongà fins el 1457. L’avinença, temporal i relativa, amb el seu fill Carles no es produí fins pel gener del 1460, quan Joan, lloctinent general de Catalunya-Aragó des del 1454, havia succeït ja Alfons el Magnànim; però els beaumontesos continuaren la lluita. Uns quants mesos després (desembre del 1460) feu empresonar Carles d’Aragó, sota l’acusació de conspirar a favor de Castella. Aquest fet provocà les ires de les autoritats catalanes, les quals pressionaren, amb èxit, davant del monarca per tal d’obtenir l’alliberament de Carles (març del 1461). Durant la seva lloctinença catalana (1454-58) sostingué el partit de la Busca i configurà la seva política favorable als remences. La concòrdia de Vilafranca (juny del 1461), victòria del constitucionalisme català davant l’autoritarisme monàrquic, li prohibí d’entrar a Catalunya sense autorització i designà Carles d’Aragó lloctinent perpetu al Principat.
La mort de Carles li permeté d’introduir en el govern català el príncep de Girona Ferran i la seva muller Joana Enríquez. L’enrariment de la situació política que precedí l’inici de la guerra contra Joan II obligà el monarca a cercar un suport militar a l’exterior. A Salvatierra i Baiona (maig del 1462), Lluís XI de França prometé d’enviar 4 200 homes a Catalunya, i Joan II hipotecà a favor del sobirà francès els comtats de Rosselló i Cerdanya. La seva entrada a Catalunya (juny del 1462) desobeint la concòrdia de Vilafranca el posà fora de la llei. Ell i els seus hereus foren declarats enemics de la cosa pública i foren desposseïts a perpetuïtat dels drets a la corona de Catalunya-Aragó. Prengué part activa en molts fets d’armes de la llarga contesa (1462-72) i sabé moure els peons de la diplomàcia internacional amb una notable habilitat política: paralització de Castella, que ajudà (1462-64) el Consell del Principat, i de França, que es beneficià sovint de la guerra i que ajudà obertament els enemics de Joan II des del 1466. Aconseguí de mantenir la fidelitat d’Aragó, València i Sicília i captà la voluntat d’homes de tots dos bàndols.
També en l’aspecte militar superà els rivals, que a poc a poc perderen totes les poblacions importants. En la darrera etapa de la contesa, i per tal d’assolir noves posicions de força a Castella i d’aïllar els seus enemics, sobretot Lluís XI, arranjà el matrimoni del príncep Ferran amb Isabel, germana i hereva d’Enric IV (1469), i pactà una aliança amb Anglaterra i Borgonya (1471). El 1472 prengué part activa en els darrers actes de la lluita, que el conduïren a la victòria. La capitulació de Pedralbes (octubre del 1472) posà fi a la guerra en forma molt generosa per als vençuts i per a les institucions catalanes. Des d’aleshores es dedicà al recobrament dels comtats de Rosselló i Cerdanya, i, bé que de moment aconseguí avantatges polítics (reconeixement per part de Lluís XI de la sobirania de Catalunya-Aragó a la pau de Perpinyà del 1473), no pogué evitar que els francesos ocupessin la Catalunya del nord de l’Albera: Perpinyà es lliurà pel març del 1475. Joan II posseí notables dots d’estrateg i una excel·lent habilitat per a la maniobra política internacional, però mancà, i les circumstàncies tampoc no l’afavoriren en aquest sentit, de la lucidesa necessària per a fer superar al país les adverses condicions econòmiques i polítiques en què es trobava quan assumí el govern de Catalunya-Aragó.