Els perses, volent castigar els atenesos perquè havien ajudat la rebel·lió de les ciutats jòniques, desembarcaren a la part nord de la plana, comandades per Datis i Artafernes. Llurs oponents atenesos, seguint el consell de Milcíades, els atacaren, sense esperar els reforços espartans, i els obligaren a tornar-se a embarcar. Els perses tingueren nombroses baixes i perderen grans efectius en l’operació.
La història antiga parla de Marató en termes d’elogi, i proposa la batalla com a model d’heroisme per part d’uns homes que defensaren la pàtria envaïda. Tant fou llur valor i llur coratge, que —cas únic en la història grega— les despulles dels morts foren deixades en el mateix camp de batalla (en un túmul d’uns 9 m d’alçada, que hom pot veure encara actualment). Ultra obrir el camí a la instauració de la democràcia atenesa, Marató esdevingué un símbol tan poderós, que, segons la tradició, Èsquil volgué que en el seu epitafi constés, sobretot, la seva participació en el combat.