Fill de Rafael Masó i Pagès, pintor i director del “Diario de Gerona”. Fins el 1900 residí a Girona, i després a Barcelona, on estudià arquitectura. A Girona, amb X.Montsalvatje, Carles Rahola, Miquel de Palol i Prudenci Bertrana, col·laborà a “Diario de Gerona”, “Vida”, “L’Enderroc”, “Lletres” i “El Gironès”, i a Barcelona, a “Montserrat” (1900), “Catalunya” (1903-05) i “Vida” (1907-08), a través d’on conegué Josep Carner, Guerau de Liost, J.M. Lopez-Picó i Emili Vallès, nucli literari que inicià el canvi de gust que preparà el Noucentisme. Escriví petites proses poètiques, intimistes, que palesen amor a les coses petites, als costums familiars i a la seva ciutat. Els seus poemes, molt a la manera del primer Carner, guanyaren diferents premis als jocs florals. Fou inclòs, com a poeta, a l’"Almanac dels Noucentistes” (1911).
Titulat arquitecte (1906), tornà a Girona, on desenvolupà una important tasca cultural, col·laborà en la fundació de la societat Athenea i fou l’aglutinador d’un grup d’artistes i artesans (Fidel Aguilar, escultor; J.B. Coromina, pintor i ceramista; Nonito Cadenas, serraller; els germans Busquets, decoradors; etc). Com a arquitecte, la seva activitat és marcada per la crisi del Modernisme. La seva actitud des de les primeres obres és de secessió respecte a aquest moviment. Féu l’intent de ruptura amb el passat immediat —adoptant planteigs paral·lels als del Noucentisme literari— partint d’un cert neopopulisme i de les experiències d’avantguarda de l’arquitectura europea, interessat especialment per la domèstica anglesa (Voysey, Mackintosh) i la Sezession vienesa (Hoffmann, Olbrich, Loos).
La seva arquitectura pot esquematitzar-se en tres períodes: en el primer (1906-11) intentà de formular un llenguatge propi, bé que poden apreciar-se clarament les influències referides (mas el Soler, farmàcia Masó, can Batlle, farinera Teixidor, magatzem Encesa i les cases Salieti i Masó); en el segon (1912-22) —en tornar d’un viatge per Àustria i Alemanya— refermà la seva actitud inicial fent una sèrie d’obres plenament noucentistes, que representen el seu moment més interessant —assoleix un sincronisme màxim amb els corrents més avançats del moment— i una de les aportacions més consistents de Catalunya a l’arquitectura europea entre la primeria de segle i els anys vint (edifici Athenea, cases Cendra, Masramon, Encesa, Cases i Teixidor, garatge Callicó i can Gispert Saüch); i en el tercer (1923-35), la idealització de Catalunya i la voluntat d’expressar-ho en els edificis es tradueixen en una progressiva recuperació i una progressiva incorporació d’elements extrets de la tradició (esgrafiats, columnes, terracotes i motllures), i arribà a emprar elements originals procedents de l’arquitectura del passat (cooperativa La Económica Palafrugellense, cases Cots i Colomer i urbanitzacions Teixidor i S'Agaró). Aquest allunyament gradual de la realitat el portà, des del 1931, a centrar principalment la seva activitat en l’arqueologia i les restauracions, i es marginà de la cultura arquitectònica del moment.
El 2006 fou creada la Fundació Privada Rafael Masó, amb seu a Girona, dedicada a l’estudi i el foment de l’arquitectura contemporània i a la difusió i la preservació del patrimoni arquitectònic català, molt especialment l’obra de Rafael Masó.