Estudià dret i filosofia a Praga. Col·laborador del Berliner Tageblatt, escriví articles satírics en un estil paròdic de gran èxit, així com novel·les i narracions, d’entre les quals destaquen Der neue Ahasver (“El nou Ahasver”, 1882), Hypatia (1892) i Der letzte Tod des Gautama Buddha (“La darrera mort del Gautama Buda”, 1913). La seva filosofia, d’un escepticisme molt acusat, se centra en l’anàlisi i la crítica del llenguatge i els seus usos. De l’obra filosòfica de Mauthner destaca, sobretot, Beiträge zu einer Kritik der Sprache (“Contribucions a una crítica del llenguatge”, 1901-06) i el Wörterbuch der Philosophie (“Diccionari de filosofia”, 1923-24).