Actiu en la resistència antisoviètica i, posteriorment, antinazi, juntament amb el seu germà Adolfas Mekas (Semeniškiai, 30 de setembre de 1925 - Poughkeepsie, Nova York, 31 de maig de 2011) fou internat en un camp de concentració nazi, del qual s’escaparen. Després de viure un temps amagats, acabada la Segona Guerra Mundial Jonas estudià filosofia a Magúncia. El 1949 emigrà amb el seu germà als Estats Units i s’instal·laren a Nova York, on intentaren introduir-se en la indústria cinematogràfica. Tot i no aconseguir-ho, es dedicaren intensament al cinema, filmant escenes de la vida quotidiana amb càmeres d’aficionat amb les quals muntaren llargmetratges, com ara Walden (1969), considerats obres pioneres de l’anomenat cinema independent i referències del moviment underground. Igualment rellevant en aquest aspecte fou la creació de la revista Film Culture (1955-76), considerada com l’equivalent de Cahiers du Cinéma als Estats Units i que proposava el cinema com una forma d’art i no com a indústria de l’entreteniment. El 1976 estrenaren The Brig, film realista sobre una presó dels marines, el seu film de més difusió. A banda, dels films de Jonas cal esmentar la ficció Guns of the Trees (1961), l’autobiogràfica Lost, Lost, Lost (1976) i As I Was Moving Ahead I Saw Occasional Glimpses of Beauty (2000). El 1972 presentà Reminiscences of a Journey to Lithuania (1972), simultàniament a Going Home, escrita i dirigida pel seu germà, sobre l’experiència de l’un i l’altre en un viatge al país natal. Adolfas Mekas fou membre fundador del departament de cinema del Bard College (1971), que dirigí fins el 1994 i on exercí la docència fins el 2004. El seu film més destacat és la comèdia Hallelujah the Hills (1963).