Conté materials de les comarques alacantines del Neolític, l’Eneolític, l’edat del bronze, ibèric i romà i també fons medievals i moderns, bé que destaquen els de l’època ibèrica: necròpoli del Molar, poblat de l’Escuera i, sobretot, del tossal de Manises i de la seva necròpoli, l’Albufereta. El museu, conegut en l’actualitat amb l’acrònim MARQ, reobrí les portes l’any 2000 després d’una profunda remodelació, que destaca per la utilització de noves tecnologies i sistemes de presentació de les col·leccions, amb diversos muntatges audiovisuals i interactius, i pel caràcter didàctic de les exposicions. El nou centre museístic ocupa 9.000 m2 del rehabilitat hospital de Sant Joan de Déu, de la Diputació d’Alacant, que es destinen a acollir el gran fons arqueològic de la institució i a mostrar l’evolució de les cultures de la Mediterrània occidental des de la prehistòria fins a l’edat mitjana. L’any 2004 guanyà el premi al museu europeu de l’any (EMYA), atorgat per l’European Museum Forum, sota els auspicis del Consell d’Europa. Coincidint amb la concessió d’aquest meritori guardó europeu, el MARQ donà un nou impuls a les seves activitats de difusió i projecció exterior.