Instal·lat primer al palau dels Desbrulls, posteriorment fou traslladat al dels comtes d’Aiamans, la seu actual. Propietat de l’ajuntament de Palma, aquest el cedí a l’estat el 1973, i finalment el 1983 fou transferit al govern Balear. A la seu central hi ha instal·lades les seccions d’art gòtic, arqueologia d’època islàmica i art modern i contemporani. El 1987 fou oberta la sala del s. XVI i hom preveu l’obertura de la sala mudèjar i de les arts industrials dels s. XIII al XVIII. El 1995, s’obrí al públic una col·lecció modernista. En vies d’instal·lació hi ha la secció d’arqueologia prehistòrica i clàssica. A Muro té la seu la secció d’etnologia i oficis artesans. A Alcúdia, el 1987, fou inaugurat el museu monogràfic de Pollentia, vora les excavacions de la ciutat romana. Les sèries arqueològiques procedeixen de les recol·leccions del s. XIX, de la incorporació de la col·lecció de la Societat Arqueològica Lul·liana i, sobretot, de les excavacions fetes els darrers anys (1961-87) a diversos llocs de l’illa. Dirigit per Guillem Rosselló-Bordoy, el museu ha dut a terme una tasca d’investigació important, que inclouen excavacions, restauració i publicacions diverses sobre etnologia, museística, etc.