Té els precedents en la iniciativa duta a terme els anys vint per un grup d’intel·lectuals i acadèmics aficionats a l'etnologia i al folklore consistent a reunir peces de les cultures tradicionals catalana, europea i d’arreu del món per a difondre’n el coneixement entre el gran públic. En aquesta etapa, acollí col·leccions aplegades per prohoms de Catalunya durant la segona meitat del segle XIX a les Filipines, la Guinea Espanyola, l'Equador i el Perú. I també objectes procedents del Pavelló Missional de l'Exposició del 1929. Com a museu fou inaugurat el 1949 en un pavelló a Montjuïc que havia estat dedicat a usos diversos.
Fou encarregat del muntatge August Panyella, que també en fou el primer director i organitzà expedicions i campanyes etnogràfiques fins a la dècada dels anys vuitanta. Les primeres seccions foren dedicades a Guinea Equatorial (expedició Panyella, 1948), a l’arqueologia i etnologia de l’Equador (recol·lecció Gómez Alonso) i a l’antropologia japonesa (treballs d’Eudald Serra). La segona etapa inclou les peces aplegades en expedicions al Marroc, el Japó, el Perú, el Nepal, l’Índia, l’Amèrica Central, Nova Guinea, l’Afganistan i Mèxic, seguides d’exposicions monogràfiques. El 1962 s’uní al Museu d’Indústries i Arts Populars (inaugurat el 1942 al Poble Espanyol). Les interrompudes campanyes de Ramon Violant i Simorra i de Joan Amades foren represes per l’equip del Museu Etnològic (Salamanca, Lleó, Conca, Almeria, Terol i Catalunya). El 1973 hom construí un nou edifici amb una original disposició en mòduls hexagonals al mateix emplaçament. Seguint les directrius de l’Ajuntament de Barcelona, el 1982 tingué lloc una segregació del Museu Etnològic que donà lloc al Museu d'Arts, Indústries i Tradicions Populars d'una banda, i el Museu d'Arts Gràfiques, de l'altra.
El 1999 es reunificaren, i a l’actual secció estable consistent en peces procedents dels cinc continents, hom hi establí una nova línia d'exposició dedicada a les cultures tradicionals i a la interculturalitat, i de comunicació oberta en un espai de diàleg i de reconeixement entre cultures. S'inicià també la recol·lecció de materials de la memòria oral de les societats de cultura rural i urbana, i hom prestà una atenció especial al món obrer industrial català i d'altres comunitats o grups socials, com ara els gitanos, els jueus, els americans o els africans. L’actual organització del museu inclou una secció d’exposicions temporals de caràcter monogràfic, a més d’una biblioteca pública, sala d’actes, arxius, laboratoris i diversos tallers i serveis. En ocasió del Fòrum Universal de les Cultures (2004), el museu mostrà en l’exposició “Ètnic” 10.000 peces, una part de les quals, procedent del fons de reserva, es mostrava al públic per primer cop. L'any 2008 s'integrà a la Xarxa de Museus d'Etnologia, ens que agrupa els museus catalans d'aquesta disciplina i és també el node principal de l'Observatori per a la Recerca Etnològica de Catalunya. L’any 2011 es tancà un conveni pel qual la Fundació/Col·lecció Folch cedia 2.000 peces de la seva col·lecció principal per un període de vint anys prorrogables. Per la seva banda, el Museu Etnològic cedí també part del seu fons perquè s'exposés al Museu de les Cultures de Barcelona, inaugurat al febrer del 2015. A a l'octubre del 2018 el Museu Etnològic i el Museu de les Cultures del Món es fusionaren en el Museu Etnològic de Cultures del Món.