Fill natural de Pedro de Navarra y de Lacarra, vescomte de Muruzábal, mariscal de Navarra, i d’una Hugalde. Fou nomenat prior de Roncesvalls (1518) i poc després completà els seus estudis de dret i teologia a Tolosa (Llenguadoc), París i Salamanca, on fou rector el curs 1529-30. Inquisidor del Sant Ofici des del 1539, conservà aquest càrrec després d’ésser nomenat bisbe de Ciudad Rodrigo (1542). El 1545 fou nomenat bisbe de Badajoz i assistí al concili de Trento. En tornà al cap de poc, i Carles V el nomenà president de la cancelleria de Granada, càrrec que refusà i tornà al concili, on prengué part activa fins el 1553. Nomenat arquebisbe de València (1556-63), s’esforçà en la conversió dels moriscs. Raons de salut li impediren d’assistir a la darrera etapa del concili. Gaudí sempre de l’amistat i confiança del rei.