El primer duc, el venecià Marc Sanudo, conquerí l’illa el 1207. El succeí el seu fill Àngel, mort el 1254, el qual prengué Mêlos als grecs. El duc Guillem Sanudo, mort el 1323, vassall de la princesa d’Acaia, enemiga d’Alfons Frederic, lluità contra els catalans al Cefís, on fou ferit i pres, i contra Ferran de Mallorca. Amb el seu fill Nicolau fou comprès en la treva entre Alfons, el batlle venecià i els senyors de Negrepont (1319). Mentre el duc Nicolau era a Morea, els turcs atacaren Naxos (1325-26). Entrà també en una nova treva entre la Companyia Catalana i el batlle de Negrepont (1331). Extingida la línia directa familiar, fou titular del ducat el senyor de Negrepont, Giovanni dalle Carceri (1362). Després el tingueren els Crispi, genovesos (des del 1383). El duc de Naxos entrà en l’aliança amb els turcs contra Tamerlà (1404-05).