Constitueix la conca lacustre més gran de l’Amèrica Central, amb una extensió de 8 430 km2. Ocupa una part d’una depressió d’origen tectònic que ha sofert moviments de submersió en temps geològics recents, acompanyats d’una notable activitat volcànica. La profunditat màxima és de 80 m. Rep com a immissari el riu Tipitapa, procedent del llac de Managua, mentre que l’emissari és el riu San Juan, que desguassa a l’Atlàntic i serveix de frontera amb Costa Rica. El llac comprèn nombroses illes, com les d’Ometepe, Zapatera, Solentiname i l’arxipèlag de Las Isletas.