Fou fundat el 1011 pels comtes Sanç i Urraca de Castella com a monestir benedictí doble (un de monjos i un de monges). Al darrer terç del s. XIX (abandonat el convent pels seus monjos el 1835), els jesuïtes es feren càrrec del monestir i hi establiren un Col·legi Màxim de Filosofia i Teologia. El 1968 la diputació provincial de Burgos comprà l’edifici als jesuïtes, que traslladaren el Col·legi a la Universitat de Deusto. Cal destacar el seu cor baix, gòtic, del s. XV, i el claustre, també gòtic, del XVI, atribuït a Simón de Colonia.