L’Església ortodoxa està organitzada al voltant de seus patriarcals (patriarcat) o d’esglésies sinodals, unides doctrinalment i litúrgicament, bé que amb una independència jurídica per respecte al patriarcat ecumènic de Constantinoble. Després de la ruptura amb Roma (Cisma d'Orient), dels mancats intents d’unió —concili II de Lió (1274) i concili de Florència (1439)— i, sobretot, d’ençà de la caiguda de Constantinoble sota els turcs (1453), l’Ortodòxia s’anà desmembrant en múltiples Esglésies independents (autocefàlia) i Constantinoble anà perdent importància. Avui, llevat d’una primacia d’honor, el patriarcat ecumènic (patriarcat de Constantinoble) es troba pràcticament mancat de fidels, si hom descompta els recents exarcats d’Amèrica i d’Europa. Les altres Esglésies ortodoxes estan integrades en primer lloc per les minories fidels a Calcedònia que romangueren a Antioquia i a Alexandria, i que encara avui constitueixen patriarcats independents. Jerusalem, patriarcat des del concili de Calcedònia (451) malgrat l’adopció dels usos litúrgics de Constantinoble, manté una jerarquia independent reclutada entre els monjos grecs del Sant Sepulcre. Encara dins el món hel·lènic, cal esmentar l’Església autocèfala del Sinaí, limitada al monestir de Santa Caterina, la de Xipre, que d’ençà del concili d’Efes és considerada apostòlica i, doncs, independent, i, finalment, la de Grècia, autònoma des del 1833, organitzada sinodalment sota la presidència de l’arquebisbe d’Atenes. Les altres autocefàlies s’han anat creant al llarg del temps en el món eslau i a Romania. La primera a independitzar-se temporalment fou l’Església de Bulgària, que obtingué el grau de patriarcat el 927. Més tard (segle XI) la de Kíev (Església russa) i la de Sèrbia, que gaudí d’una autonomia temporal en ésser creat el patriarcat de Peč (1346). La unió amb Roma del metropolita de Kíev (1439) portà a la creació d’una metròpoli a Moscou (1448) —on, de fet, residia el titular de Kíev—, la qual, basant-se en la teoria de la tercera Roma, lluità fins a la creació del patriarcat de Moscou (1589). Aquest arribà a sotmetre a la seva influència els patriarcats de Bulgària i de Sèrbia. El gradual desmembrament de l’imperi otomà a la segona meitat del segle XIX, i la desaparició de l’imperi austrohongarès foren els principals factors que donaren lloc a la fundació d’autocefàlies: Sèrbia (1879), Romania (1865), Bulgària (1870) foren seguides per Albània, Finlàndia, Txecoslovàquia i Polònia els anys vint. L’establiment de l’URSS afavorí la imposició del patriarcat rus sobre totes les Esglésies del territori soviètic i, en dissoldre's aquest estat, creà exarcats en diversos dels nous estats independents que, en alguns casos com ara a Ucraïna, han rivalitzat amb les Esglésies autocèfales restablertes els anys noranta.
L’Ortodòxia apareix com una tradició homogènia, malgrat la diversitat de cultes i èpoques. El seu pensament, tot partint de la triple font bíblica, litúrgica i patrística, pròpia del cristianisme primitiu, no solament desconeix el pessimisme sobre l’home i el món, que hom troba ja en Agustí i que domina l’Occident fins al Protestantisme, sinó també la reacció contrària de l’humanisme i del secularisme modern. L’Orient pensa el misteri de Déu i del món en un únic esquema dinàmic ascensional que comença per l'economia trinitària i veu la redempció com un procés que va des de la creació fins a la divinització del món. L’aproximació als misteris per via negativa (apofatisme) no vol dir impossibilitat d’atènyer l’incognoscible, sinó invitació a depassar la raó per penetrar en l’experiència de la plena unió amb Déu per l’Esperit Sant, que és alhora plenitud de la divinitat i plenitud de l’home. La tendència a superar els límits conceptuals ha fet que l’Ortodòxia es negués a donar a Déu un caràcter tancat: no solament les tres persones de la Trinitat constitueixen ja en si un desbordament de l’essència, sinó que per les seves emanacions (energies) Déu aboca la seva divinitat en l’home. En aquest sentit, la creació no comporta un món acabat i estable, juxtaposat a un ordre sobrenatural, sinó que la natura i la gràcia constitueixen dos moments de l’únic acte de creació-divinització. Aquesta plenitud ja s’ha manifestat en la resurrecció del Crist i s’hi penetra per la Pentecosta en l’Església. La mateixa figura del Crist històric és depassada: mort i sepultat, davalla als inferns com a vencedor de la mort; ressuscitat, apareix en la plenitud de la divinitat. Els mateixos sants no ho són per la imitació del Crist, sinó per la transfiguració interior, com el Crist dalt del Tabor. Com a contrapartida d’aquesta visió escatològica hi ha un cert desinterès pel món present i comporta una certa anarquia eclesiàstica, manifestada i justificada en les múltiples autocefàlies. Les discussions medievals sobre el filioque, o la negació del purgatori, o d’altres desavinences sobre usos litúrgics han estat els punts als qual hom sol atribuir la ruptura amb Roma. L’Església ortodoxa ha tingut una certa expansió missionera, per exemple, al Japó (per obra de l’Església russa) o en alguns països de l’Àfrica negra. El domini turc frenà el gran desenvolupament del pensament teològic medieval grec, continuat després per la tradició eslava i reprès modernament, en una renovació que a Grècia parteix sobretot d’un congrés teològic del 1936 i que, entre els eslaus, arrenca dels eslavòfils i ha tingut grans figures entre els ortodoxos de l’emigració. Aquesta emigració, originada per raons tant econòmiques com polítiques, ha estat molt nombrosa, especialment a Alemanya, França, el Canadà, els EUA, etc., i ha portat a la creació de jurisdiccions pròpies, dependents o no d’algun patriarcat oriental. Tot aquest moviment ha propiciat en alguns llocs l’anomenada Ortodòxia occidental, és a dir, comunitats ortodoxes establertes a Occident i que hi han emmotllat la llengua litúrgica, fins i tot la mateixa litúrgia i, en part, el pensament. Les diverses Esglésies ortodoxes formen part del Consell Ecumènic de les Esglésies i mantenen, amb graus diferents, contactes jeràrquics i de teòlegs, amb l’Església catòlica. Des del 1961, aquestes mateixes Esglésies han anat celebrant una sèrie de conferències panortodoxes, primer a l’illa de Rodes i posteriorment a Belgrad i a Ginebra, amb vista a una renovació espiritual de l’Ortodòxia, als contactes amb les altres Esglésies cristianes i a l’adaptació al món actual. Aquestes conferències són alhora la preparació d’un futur concili general de l’Ortodòxia. Amb l’enfonsament del comunisme, l’Ortodòxia ha assolit un nou protagonisme en moltes de les societats de l’Europa Oriental on era tradicionalment arrelada. El retorn a la legalitat ha anat acompanyat, en diversos casos, de conflictes de tipus jurisdiccional i de polèmiques en la creació d’Esglésies autocèfales. Les rivalitats entre els patriarcats de Constantinoble i de Moscou i els conflictes en les Esglésies ortodoxes d’Ucraïna en són els més destacats.