D’origen incert, el 1542 fou reconegut com a fill de Gonzalo Pérez i Juana Tobar. Estudià a Salamanca i a Itàlia. En morir Gonzalo (1566), titular de la secretaria d’estat, li foren confiats els afers d’Itàlia, i aviat assolí la confiança de Felip II. L’assassinat de Juan de Escobedo (1578) i la seva actitud en la successió de Portugal, que l’evidenciaren com a polític corrupte, menaren el rei a destituir-lo i fer-lo encarcerar. Instruït el procés —que s’allargà per les vacil·lacions de Felip II—, el 1590 fugí al regne d’Aragó, on fou reclamat per la inquisició, i per evitar de caure en mans de Felip II (que envaí Aragó, violant-ne les constitucions), s’escapà d’allí a França (1591), on morí exiliat. Publicà unes Cartas y relaciones.