El rocam paleozoic, els granits i les migmatites han estat rebaixats per l’erosió remuntant d’afluents dels rius Llobregat (conca de la Muga) i des les Illes (conca del Tec), fins a obtenir l’altitud mínima dels Pirineus axials (no litorals): 271 m. Això explica la importància estratègica del pas, seguit per la via màxima romana, per la carretera i, des de fa poc, per l’autopista que uneixen els estats espanyol i francès. S'hi ha establert un poblament fronterer separat per la carretera durant prop de mig quilòmetre, que serveix de carrer major entre el poble del Pertús (W) i el barri empordanès dels Límits (E).
Al desembre del 2010 entrà en servei el túnel del Pertús, que connectava el Tren de Gran Velocitat (TGV) Barcelona-Perpinyà, consistent en dos túnels de 8,3 kms de longitud que comuniquen els Estats espanyol i francès pels municipis de Montesquiu d’Albera, al nord, i la Jonquera al sud. Al setembre del 2016, l'empresa concessionària que operava els túnels, TPFerro (constituïda per l'espanyola ACS i la francesa Eiffage), feu fallida.