Fou catedràtic de Harvard i director del seu observatori astronòmic. Féu importants treballs de fotometria estel·lar i inventà el fotòmetre de doble imatge. Fou també un dels introductors de les tècniques fotogràfiques en el camp de l’observació astronòmica, i inicià l’elaboració d’un dels més importants catàlegs fotogràfics del cel. Començà el Henry Draper Catalogue, on hi ha les posicions de molts estels i llur classificació espectral; actualment aquest catàleg conté uns 400 000 astres.