Fou fundat el 1236, essent bisbe de Barcelona Berenguer de Palou, que concedí facultat a la monja Mariana Pisana per a construir un convent prop de la mar, sota la casa dels canonges augustinians de Santa Eulàlia del Camp. Seguien la regla franciscana o de santa Clara, però pel seu lloc d’origen (San Damiano) es digueren també damianites o de sant Damià. Al s XIII el convent s’envoltà de muralla i es protegí amb l’anomenada torre de Sant Joan. D’aquest convent, el primer de l’orde a Catalunya, sortiren monges per a fundar la resta de convents, com el de Pedralbes. El 1406 les monges demanaren a la Santa Seu de canviar d’hàbit i de regla, però no ho aconseguiren, fins que el 1513, amb l’aprovació de Lleó X, adoptaren la regla de sant Benet. El seu convent fou destruït pel setge de Felip V (1714) i arrasat en edificar-se la Ciutadella. El 1718 el rei concedí a la comunitat part del Palau Reial Major, amb el saló del Tinell, que convertiren en església. S'hi emportaren restes del claustre de l’antic convent, que han aparegut en restaurar el Tinell. Hi romangueren fins el 1936. Acabada la guerra, la comunitat passà a Santa Cecília de Montserrat, i després a Sant Benet de Montserrat. Part del vell convent (adquirit per l’ajuntament de Barcelona) fou destinat al Museu Marès (inaugurat el 1946), i la part del Tinell, convenientment restaurada, forma part avui del patrimoni artístic ciutadà.