Es forma de la confluència dels rius Naryn i Karadarja, a la vall de Fergana (Uzbekistan), travessa les muntanyes en direcció SW, prossegueix cap al N per l’extrem oriental de la regió de Kyzylkum, al Kazakhstan, i travessa en direcció NW la regió de Nizmennost’, també al Kazakhstan, fins a desguassar a la mar d’Aral. Des dels anys seixanta, la desviació de part del riu per a la irrigació ha produït un important descens de la mar d’Aral. El curs inferior és glaçat de desembre a març. Els afluents principals són l’Angren, el Čirčiq, l’Arys’, l’Isfana i l’Isfajramsaj. Passa per les ciutats de Kajrakkum, Khodžent, Bekabad, Kzyl-Orda i Kazalinsk, fins on és navegable.