Els Tres Capítols eren escrits de Teodor de Mopsuèstia, Teodoret de Cir i Ibes d’Edessa. Justinià els condemnà com a nestorians, i el seu decret fou ben acollit a Orient. A Occident, la decisió imperial semblà un atac al concili de Calcedònia, i el papa Vigili refusà d’acceptar-la. Cridat a la cort, signà, sota la pressió imperial, el Iudicatum (548), o la condemna dels Tres Capítols, però després se'n retractà. L’emperador convocà un concili a Constantinoble (553), que condemnà els Tres Capítols. El papa Vigili, després d’haver sofert presó i tortura, a Constantinoble, reconegué finalment la condemna, tot i que li constava l’ortodòxia dels texts incriminats.