Tingué els inicis en les jornades d’estudi celebrades en aquesta ciutat des de l’estiu del 1969 i que ja aleshores reberen aquest nom. Després de diverses temptatives, una primera UCE fou organitzada aquest any pel Grup Cultural de la Joventut Catalana i pel Grup Rossellonès d’Estudis Catalans; de tema monogràfic —El Rosselló avui i demà—, hi assistiren unes 120 persones d’arreu dels Països Catalans. L’any següent funcionaren ja quatre seccions diferents (llengua i literatura catalanes, estudis rossellonesos, ciències humanes i ciències exactes), que augmentaren els anys posteriors (7 el 1971, 15 el 1972, 17 el 1973, etc.); l’elevat nombre de participants obligà a la celebració de dues sessions successives el 1974 i el 1975.
El 1976, canviats els condicionaments polítics de l’Estat espanyol que desembocaren en el final de la dictadira franquista, es pogué celebrar una sessió a Vic i dues més a Prada. Superada l’etapa més pròpiament resistencialista i de continguts més directament polítics, l’any 1985 hom engegà una renovació i un rellançament amb la constitució d’un patronat format per entitats representatives (entre les quals cal esmentar l’Institut Interuniversitari Joan Lluís Vives, que agrupava totes les universitats dels Països Catalans, que es retirà del patronat el 2002) i personalitats destacades dels Països Catalans amb l’objectiu d’impulsar una organització més acadèmica i un major rigor universitari. Per tal de garantir la continuïtat de la UCE, el 1995 fou creada la Fundació UCE, que presideix el president de l’Institut d’Estudis Catalans.
Des del 1985 n'han estat rectors Max Cahner (fins el 1988), Enric Casassas (fins el 1991), novament Max Cahner (fins el 1994), Joaquim Arenas (fins el 1995), Miquel Porter Moix (fins el 2001), Joandomènec Ros (fins el gener del 2009) i Jaume Sobrequés i Callicó, el qual presentà la dimissió al novembre d’aquest any, Jordi Sales i Coderch (fins al novembre del 2013), Salvador Alegret (fins al febrer del 2015) i Joandomènec Ros (febrer-desembre del 2015). Al desembre d'aquest any fou nomenat rector de l'UCE Jordi Casassas. L'abril del 2015 fou inaugurat a Prada el nou Centre d'Estudis Transfronterers Pau Casals, seu permanent de la UCE, consistent en tres edificis d'una seu residencial del 1924 rehabilitada, amb capacitat estimada per a 3.000 alumnes.