El 1592 el papa Climent VIII disposà que la nova universitat acollís totes les facultats i ciències: teologia, cànons, filosofia, medicina, matemàtiques, etc, i s’hi pogués obtenir el grau de batxiller, llicenciat, doctor i mestre. El rector del col·legi seria el canceller de la universitat. No aconseguí l’aprovació reial fins el 1646, que li atorgà les mateixes gràcies, privilegis i exempcions que a la Universitat de València. Fou la més important del regne després d’aquesta. El 1786 disposava de 24 càtedres, un claustre d’uns 100 doctors i prop de 300 estudiants. Experimentà diverses modificacions, fins que fou suprimida el 1835. Restà com a col·legi agregat a la Universitat de València.