Diputat (1826), féu costat al govern de Juan Manuel Rosas, que el nomenà governador d’Entre Ríos (1842). Combaté el centralisme i el monopoli comercial de Buenos Aires, actitud que l’enfrontà a Rosas, que ell derrotà a Monte Caseros (1852). Rebut el poder per la constitució del 1853, de signe federal, instaurà una confederació d’estats i un règim autoritari i conservador, basat en l’antiga oligarquia rosista. Tanmateix, la guerra civil continuà, i el 1855 Urquiza vencé els liberals centralistes de Buenos Aires a Cepeda. La reacció de Bartolomé Mitre el derrotà a Pavón (1861), però ambdós caps arribaren a un acord. Governador d’Entre Ríos (1861-64 i 1868-70), s’entengué amb el president del Paraguai, Francisco Solano López, però es retractà i tornà a fer costat al president Mitre, mentre que Solano López envaïa Corrientes (1865). Una revolta federal esclatà contra la seva voluntat (1866-67) i morí assassinat.