És documentada des del període d’Al-’Ubaid (4300-3500 aC). En la fase d’Uruk (3500-3100 aC), cultura a què dona nom, apareix ja una arquitectura monumental. El primer rei plenament històric fou Gilgameš. Amb Lugalzaggisi (~2371-2347 aC), fundador de la dinastia III d’Uruk, aquesta ciutat estat exercí l’hegemonia sobre Sumer. Derrotat, però, per Sargon I d’Accad, Uruk i les altres viles sumèries entraren a formar part d’aquest regne.
Durant el període guti (2240-2120 aC), Sumer gaudí d’una gran autonomia, com ho demostra l’existència de la dinastia IV d’Uruk i la de Lagaš. Utu-Ḫegal (2120-2114 aC) posà fi a la dominació guti i fundà la dinastia V d’Uruk, de curta durada, car a la seva mort la ciutat restà sotmesa a la dinastia III d’Ur (2113-2006 aC). Amb l’enfonsament d’aquesta per obra dels amorites, Uruk perdé importància, com la resta de les viles sumèries. Reconstruïts, però, els seus temples durant els períodes següents (babilònic, cassita, assiri i persa), en època selèucida (331-140 aC) encara existia la seva escola d’escribes. Respectada pels parts (140 aC - 224 dC), caigué en l’oblit durant la dominació sassànida (224-637).
Les restes d’Uruk es troben repartides en tres tall, en un dels quals s’aixeca el temple E-anna (‘casa celestial’), la zona sagrada per excel·lència, del període de Djemdet Naṣr (3100-2700 aC); una construcció subterrània on fou dipositat el mobiliari d’aquest santuari; un zigurat d’Ur-Nammu (2113-2096 aC), que ocupa el lloc d’un temple del període de Djemdet Naṣr; dos temples, potser d’època cassita (1592-1160 aC) i un palau part. En un altre tall hom ha trobat una terrassa del període d’Uruk o del Djemdet Naṣr; el temple blanc, dedicat a Anu; el santuari Bit reš, consagrat a Anu i a Antu (d’època selèucida), i un mitreu part. En el darrer tall hi ha un temple selèucida. Fora de la vila, voltada d’una doble muralla de 10 km, hom ha descobert una Casa dels Banquets (més de 116 sales, vestíbuls i passadissos). Excavada per una missió alemanya el 1911 i en 1927-30, ho ha estat novament a partir del 1954.