Enviat a pacificar el Perú (1540), en fou reconegut governador per Lima i Quito, i el 1542 vencé Diego de Almagro el Mozo a Chupas i el féu decapitar. Revisà els privilegis dels encomenderos i maldà per aplicar les noves lleis d’Índies del 1542, cosa que l’enfrontà amb aquells i fou causa de la revolta de Gonzalo Pizarro. El nou virrei, Blasco Núñez de Vela, el féu empresonar, però s’escapà a Panamà (1544) i després a Castella, on fou empresonat, a causa de les acusacions d’haver-se enriquit fraudulentament fetes per Pizarro i Almagro. Rehabilitat al cap de tres anys, fou president del Consell d’Índies (1557-61).