Hom pot situar els antecedents d’aquesta ciència en la morfologia social de Durkheim, però el terme fou introduït el 1921 per Robert Park seguint el desenvolupament de la ciència ecològica general, amb el qual mantingué una estreta dependència en els seus escrits i els de l’Escola de Chicago. La continuació d’aquesta dependència feu que l’interès només se centrés en la distribució espacial dels homes i que els estudis d’ecologia humana decaiguessin cap als anys quaranta. Al cap d’una dècada, fou novament formulada per James Alfred Quinn i Amos Hawley, que posaren l’èmfasi sobre els aspectes estructurals de la comunitat humana, amb la qual cosa prengué una nova volada.
Els estudis ecològics han estat especialment formulats en el tractament urbà, i ja des dels anys vint sortiren les diverses teories d’Ernest Burgess, Homer Hoyt i Roderick McKenzie. A partir de la dècada del 1960 s’imposà l’aplicació de la teoria ecològica a l’estudi de les interaccions entre poblacions humanes i llur medi, dels fluxos materials i energètics d’aquestes i dels ecosistemes més artificials, com ara les ciutats.