Originàriament la farmàcia no era de fet una ciència independent, sinó que formava part dels coneixements mèdics, car era el metge qui preparava els medicaments. Els descobriments en el camp de la química i, especialment, en el de la botànica influïren en l’evolució de la farmàcia. Els primers texts que hom en coneix són els egipcis, que es limiten a donar la manera d’obtenir certs preparats amb poder de guarir; posteriorment foren els grecs els qui n'escriviren obres, que tingueren vigència durant molts segles. A l’època medieval el món islàmic donà un nou impuls a la ciència farmacèutica, que s’anà separant gradualment del camp dels metges, i així sorgí la professió d'apotecari. Al s. XVI aparegueren les primeres farmacopees, la necessitat de les quals anà augmentant des del moment que el metge deixà de preparar-se ell mateix els medicaments i ho encarregà a una altra persona, que amb el temps esdevingué el farmacèutic. Calia que qui preparés un medicament ho fes sempre seguint unes mateixes normes per a l’obtenció d’uns resultats idèntics. Així aparegueren tractats escrits per especialistes, que reberen diferents noms (antidotaris, receptaris, còdexs, etc), bé que eren obres mancades de caràcter obligatori.
Als Països Catalans, un dels primers texts conservats és el Llibre de les medicines particulars o simples del metge i botànic toledà ibn Wāfid (s. XI), traduït al català directament de l’àrab (també ho fou a l’hebreu i més tard al llatí) al s. XIV i publicat per Lluís Faraudo (1943). L’anomenat Receptari de Manresa, a l’arxiu municipal d’aquesta ciutat, és una col·lecció de fórmules, amb un índex de simples, feta per l’apotecari Bernat Despujol el 1347 i publicada per Lluís Comenge. Una de les farmacopees més completes d’aquella època, que només té com a precedent la publicada a Florència el 1487, és la que féu l’apotecari barceloní Pere Benet Mateu el 1497 (publicada pòstumament, el 1521). El 1511 fou editada a Barcelona, pel col·legi d’apotecaris, la Concordia pharmacopolarum barchinonensium, reimpresa el 1534 i el 1587. Antoni Castell, monjo de Montserrat i farmacèutic de l’orde a Valladolid, escriví Teórica y práctica de los boticarios... (Barcelona, 1592), una de les primeres farmacopees en castellà. El 1601 fou editada a València una Officina Medicamentorum, reimpresa el 1698. Però hom no pot parlar pràcticament de ciència farmacèutica fins al s. XVIII, i cal arribar al s. XIX per a poder parlar-ne des del punt de vista científic, especialment afavorida pel desenvolupament de la química i de la farmacologia experimental, com també per la regulació de l’ensenyament universitari amb l’aparició de les primeres ordenances de farmàcia. Al s. XX la farmàcia ha experimentat un gran impuls —paral·lel al de la química— que ha donat lloc a l’establiment d’una important indústria farmacèutica ( farmacèutic 3), gràcies a la qual hom ha obtingut substàncies noves, com ara antibiòtics, antihistamínics, vitamines, etc. L’ensenyament de la farmàcia s’anà establint en tots els estats, d’acord amb el desenvolupament de la ciència farmacèutica. A l’Estat espanyol ho fou la primera vegada el 1801, mitjançant les Ordenanzas de Farmacia. El 1804 fou creat a Madrid el Real Colegio de Farmacia, el 1815 el de Sant Victorià, a Barcelona, i dos més, a Santiago de Compostel·la i a Sevilla. El 1845 foren incorporats a la universitat, com a facultats de farmàcia, els col·legis de Madrid i de Barcelona. Posteriorment foren creades les facultats de Granada, Santiago de Compostel·la i Salamanca. Als Països Catalans es destacà la figura de Francesc Carbonell i Bravo, que, essent cònsol del col·legi d’apotecaris de Barcelona, publicà Pharmaciae elementa chemiae recentioris fundamentis innixa (1796), que serví de llibre de text molt de temps a diverses escoles franceses i castellanes. En relació amb el Col·legi de Sant Victorià es destacaren les figures de Josep Antoni Savall i Ramon Fors i Cornet. Per tal d’impulsar l’aspecte científic de la professió farmacèutica, sota l’impuls i la presidència de Josep Agell i Agell fou creada el 1931 l'Acadèmia de Farmàcia de Catalunya, que desaparegué el 1939. L'Acadèmia de Farmàcia de Barcelona fou constituïda el 1955 a partir de la secció barcelonina de l’Academia de Farmacia de Madrid.