N'hi ha 15 isòmers possibles, el més abundant dels quals és la protoporfirina IX. Es troba a l’hemoglobina, a la mioglobina i a la majoria de citocroms. Forma quelats amb ions metàl·lics (ferro, magnesi, zinc, níquel, cobalt i coure). El complex amb ferro (II) és anomenat protohem o simplement hem, i el format amb ferro(III), hemina o hematina.
f
Bioquímica