Entre els diferents criteris proposats pels naturalistes per a classificar els organismes cal esmentar la taxonomia clàssica, que fa una separació de grups d’organismes en funció d’afinitats entre caràcters fonamentals i hereditaris, de manera que classifica en la mateixa espècie els organismes amb totes, o gairebé totes, les característiques comunes, en el mateix gènere els grups directament relacionats, etc.; la taxonomia numèrica, basada en els principis d’Adanson, segons els quals totes les característiques tenen el mateix valor i cal descriure'n tantes com sigui possible i que siguin reduïbles a una alternativa excloent, per tal de poder aplicar procediments matemàtics i treballar amb calculadors; i la taxonomia genètica i molecular, anomenada també de vegades taxonomia experimental, que estableix el grau de relació entre els organismes a través de l’anàlisi de l’ADN i dels enzims més importants i de la comparació de la composició de llurs components i que, si el grau de relació és alt, conjectura l’existència d’antecessors comuns.
