Aquest féu redactar diversos catàlegs, que han arribat incomplets. Es conserven dos registres, un dels quals, autògraf, conté 4 239 peces i anota el lloc, la data i el preu d’adquisició dels llibres. Hom suposa que la biblioteca sobrepassà els 15 549 volums. A la mort del fundador, la biblioteca passà al capítol de Sevilla. S'han perdut i dispersat molts llibres. L’any 2000 el fons era constituït per uns 60 000 volums (llibres, manuscrits, mapes, partitures, gravats, etc), amb una clara especialització en la història del nou món. Dels prop de 3 200 volums antics, cal destacar-ne 1 250 incunables i 587 manuscrits. Hi ha també peces d’una gran raresa, i en diverses llengües. En català destaquen la Bíblia rimada, del s. XIV, seguida d’una còpia de la traducció del Saltiri de fra Romeu Sa Bruguera i el poema de Francesc de la Via Fra Bernat , imprès al començament del s. XVI. Entre el 1888 i el 1948 publicà el catàleg dels llibres impresos de la Biblioteca.