Té una extensió de 4.824 ha i abasta les terres del curs baix de la Muga i del Fluvià (estany de Vilaüt, la Massana, la Rogera, la Llarga, etc), juntament amb una àmplia zona perifèrica. El seu principal interès rau en la riquesa de la fauna ornítica, especialment migrant. La declaració de terres protegides afecta nou municipis: Pau, Roses, Pedret i Marzà, Peralada, Palau-saverdera, Armentera, l’Escala, Sant Pere Pescador i Castelló d’Empúries.