El nom fa referència al nen Jesús, ja que els corrents arriben pels volts de Nadal. Les aigües càlides del corrent sud-equatorial fan augmentar la temperatura de les aigües superficials de l’oceà, cosa que afavoreix l’evaporació; l’aigua evaporada caurà després en forma de pluges intenses, tant sobre la mar com sobre les terres costaneres. Aquestes pluges, si bé fan créixer l’herba en paratges típicament àrids, poden produir greus inundacions. D’altra banda, la interrupció de l’aflorament de Humboldt fa que disminueixi considerablement l’aportació de nutrients, i, per tant, la pesca minva dràsticament. Per això el fenomen d’El Niño sol ser qualificat de catastròfic des del punt de vista econòmic. Al segle XX ha tingut especial intensitat els anys 1912-13, 1923-25, 1964-66, 1982-84 i 1993-94. El fenomen, que dura uns quants mesos, s’inicia al principi de l’estiu austral, pels volts de Nadal (d’aquí el seu nom) i, bé que es dóna repetidament cada pocs anys, la seva freqüència és força irregular en el temps; tan sols es pot afirmar que com a mitjana apareix cada sis anys. Actualment el fenomen de caràcter oceanogràfic d’El Niño es relaciona amb un fenomen d’oscil·lació climàtica més àmplia, l’anomenada oscil·lació meridional, coneguda per l’acrònim internacional d’ENSO (El Niño Southern Oscillation). L’ENSO es correspon amb altres oscil·lacions climàtiques detectades a l’altre extrem del planeta. Un estudi realitzat a la Universitat de Barcelona relaciona el fenomen d’El Niño amb períodes de sequera a la península Ibèrica, bé que no se sap quin podria ser el mecanisme d’aquesta relació. Les dades més recents suggereixen que el fenomen d’El Niño respon a un cicle natural d’escalfaments i refredaments de l’aigua. És un fenomen que es produeix amb una certa regularitat dins de la impredictibilitat dels fenòmens naturals en què s’inclou. El fenomen d’El Niño altera el funcionament dels ecosistemes marins de l’Amèrica del Sud i provoca pèrdues econòmiques importants a causa, sobretot, de les pluges torrencials i la minva de la pesca. En anys normals, al Pacífic oriental hi ha un gran sistema d’altes pressions, mentre que al Pacífic occidental hi ha un sistema de baixes pressions. Com que l’aire es desplaça dels llocs d’alta pressió als de baixa pressió, els vents bufen d’E a W i arrosseguen l’aigua tèbia de la superfície. L’aigua freda del fons es desplaça en sentit oposat i arriba a les costes sud-americanes, on aflora. L’aigua del fons és molt rica en nutrients; en ascendir fa pujar aquests nutrients a la superfície i les àrees afectades esdevenen molt productives. Aquestes aigües contenen una gran quantitat de peixos, especialment anxovetes peruanes Engraulis ringens, que són part important de la productivitat pesquera dels països sud-americans que limiten amb aquestes aigües del Pacífic. A més, la gran quantitat d’ocells marins que produeixen el guano, l’acumulació d’excrements que és la base de la indústria de fertilitzants de la zona, també s’alimenten d’aquestes anxoves. En aquests anys normals la productivitat de la mar contrasta amb la de la terra: l’aigua freda i l’elevada pressió de l’aire impedeixen la formació de núvols i creen les condicions àrides de la costa sud-americana. Les pertorbacions climatològiques d’El Niño es produeixen quan, per raons que encara no són clares, les temperatures de la superfície de l’oceà a la costa de l’Equador i del Perú són anormalment altes. El corrent càlid sud-equatorial s’estén extraordinàriament, i això dóna lloc a un canvi de direcció dels vents i, al seu torn, dels corrents marins. Com que la pressió de l’aire és bastant baixa sobre les aigües calentes, l’aire puja carregat de vapor d’aigua, es condensa i provoca pluges fortes. A l’altra banda del Pacífic, en canvi, les pluges no apareixen i es produeix un any de sequera. Els canvis climatològics associats al fenomen d’El Niño també afecten l’Amèrica del Nord i, en menys grau, Europa i Àfrica. L’arribada d’El Niño altera totalment el funcionament dels ecosistemes marins de la costa de l’Amèrica del Sud. L’aigua tèbia, que abans anava cap a Austràlia i Àsia, retorna a les costes americanes i l’aigua freda, rica en nutrients, queda atrapada al fons. Sense nutrients, el plàncton no es pot desenvolupar, els peixos no troben aliment i els ocells moren o es dispersen cap a altres regions. La indústria pesquera i la de fertilitzants del Perú i l’Equador es veuen greument afectades per aquests canvis. El Niño més dramàtic de l’últim quart del segle XX aparegué entre la tardor del 1982 i l’estiu del 1983. No solament col·lapsà la cadena tròfica, sinó que també alterà de manera notable el clima de moltes parts del món. Aquell hivern es produïren tempestes importants a les costes normalment àrides de Califòrnia, l’Equador i el Perú; a Sierra Nevada (Califòrnia) i a les Muntanyes Rocalloses hi hagué nevades rècord que provocaren inundacions a la primavera. A l’altra banda de l’oceà —a les Filipines, l’Índia, Austràlia i Àfrica— es produïren sequeres prolongades que provocaren una disminució poblacional de moltes espècies de plantes i animals. Les pèrdues econòmiques per als agricultors, els ramaders i els pescadors de les zones afectades foren molt importants.
A l’Atlàntic equatorial també es pot observar un sobreescalfament de l’aigua degut a la dinàmica interna de l’oceà Atlàntic similar al fenomen d’El Niño que s’observa al Pacífic equatorial. En aquest cas, però, la seva intensitat és menor, com també les seves conseqüències, per això, per tal d’evitar confusions, hi ha certes reticències a designar-lo amb el mateix nom. En ambdós fenòmens també es produeix un sobreescalfament de l’aigua a través de les fluctuacions de l’atmosfera, però a l’Atlàntic es produeix uns quants mesos més tard que el màxim d’escalfament al Pacífic.