Presenta un recorregut cronològic per l’art i la història de la comarca des de la prehistòria fins a l’actualitat. En destaca la pintura catalana i empordanesa dels s. XIX i XX. Fou creat per un acord municipal del desembre del 1946 i inaugurat el 1947. L’any 1970 es reinstal·là en un edifici propi, creat de nova planta. Els fons del museu s’incrementaren amb una important donació de Frederic Marès. Disposa de sales dedicades a exposicions temporals i d’un auditori. Actualment és gestionat per un consorci format per l’ajuntament de Figueres i el Consell Comarcal de l’Empordà. L’any 1999 reobrí els seus espais d’exposició permanent després d’un període de tancament en què es dugueren a terme obres de millora i condicionament museogràfic.