Llicenciat en econòmiques per la Universitat de Montenegro, fou membre de l’oficialista Partit Socialista i proper a Slobodan Milošević. En les antigues República Federativa Socialista de Iugoslàvia (fins el 1993) i República Federativa de Iugoslàvia (fins el 2003), ocupà ininterrompudament el càrrec de primer ministre de la República de Montenegro des del 1991 fins al 1997. Un any abans, arran de la severa derrota dels socialistes en les eleccions municipals de Sèrbia i dels avalots que la seguiren, es distancià de Milošević, les crítiques al qual reiterà en ocasió de l’operació de neteja ètnica que aquest ordenà sobre Kosovo. Posteriorment (1999) donà suport als bombardeigs de l'OTAN sobre Belgrad.
Alhora, començà a defensar públicament la separació de Sèrbia i Montenegro malgrat la caiguda de Milošević l’any següent i les pressions internacionals. El 1997 guanyà en les eleccions a la presidència de Montenegro, càrrec que començà a exercir l’any següent, en què també fou elegit president del Partit Socialista de Montenegro. Candidat guanyador de les eleccions del 2002 per la Coalició per a un Montenegro Europeu, fou novament primer ministre de la república des de l’any següent.
Durant la vigència de l’efímer estat de Sèrbia i Montenegro (2003-06), feu campanya activa en el Bloc per a la Independència de Montenegro en el referèndum del maig d’aquest any, i en les eleccions de setembre revalidà per majoria absoluta el càrrec de primer ministre al capdavant de la Coalició per a un Montenegro Europeu. El més següent dimití i fou substituït per Zeljko Sturanović, el qual, el febrer del 2008, cedí novament el càrrec a Djukanović per raons de salut.
Confirmat en el càrrec el març del 2009, el novembre de l’any següent Montenegro esdevingué candidat oficial a l’ingrés a la Unió Europea. Al desembre dimití el càrrec voluntàriament, mesura que justificà amb l’argument d’haver acomplert tots els seus objectius polítics (independència, ingrés a l’OTAN i candidatura oficial a la UE), bé que continuà com a líder indiscutit del Partit Socialista. El succeí en el càrrec Igor Luksić. Recuperà el càrrec en les eleccions del desembre del 2012, al capdavant d’una nova coalició que es trencà el 2016, en part per acusacions de corrupció i en part per l’oposició d’alguns dels socis a l’ingrés a l’OTAN (que finalment tingué lloc el 2017). Tot i dimitir el càrrec, el govern continuà, rellevat per Dusko Marković, del mateix partit que Djukanović. L’abril del 2018 guanyà les eleccions presidencials en primera volta.
És el polític dels Balcans posteriors a l’esfondrament de Iugoslàvia que més temps s’ha mantingut en el poder, sigui com a primer ministre (1991-98, 2003-06, 2008-10 i 2012-16) o president (1998-2002 i des del 2018). El 2003 un tribunal italià l’acusà d’estar involucrat en el contraban de tabac, però hom retirà tots els càrrecs l’any 2009.