A divuit anys s’uní als khmers roigs i prengué part en l’enderrocament de Lon Nol (1975), però el 1977 organitzà les hostilitats contra aquesta organització des del Vietnam; hi cofundà el Front Unit per a la Salvació de Kampuchéa, que enderrocà el règim de Pol Pot el 1979. Ocupà diversos càrrecs en el govern fins el 1985, que n’esdevingué primer ministre. El 1993 signà els acords de pau de París. Del 1993 al 1997, al capdavant del Partit Popular de Cambodja, compartí el càrrec amb el príncep Ranariddh del Partit FUNCINPEC, coalició de l’oposició anterior als acords de pau. El 1997 expulsà Ranariddh del càrrec, però la manca d’una majoria suficient en les eleccions de l’any següent el forçà a una nova coalició amb el FUNCINPEC (bé que sense compartir el càrrec), situació que es repetí el 2003 i que portà a un bloqueig en la formació del govern fins el juliol del 2004, en què un acord amb el FUNCINPEC permeté nomenar primer ministre Hun Sen. En les eleccions del 2008 fou revalidat en el càrrec malgrat les acusacions d’irregularitats de l’oposició.
Poc abans de les eleccions del 2013, l’oposició s’unificà en el Partit Nacional per al Rescat de Cambodja (PNRC) i, gràcies a les pressions internacionals, el seu líder Sam Rainsy (a l’exili des del 2010) pogué tornar a Cambodja. Tot i que el PPC mantingué la majoria, el bons resultats del PNCR i l’allau d’acusacions de frau propiciaren protestes massives durant prop d’un any, a les quals el govern respongué amb una nova escalada de repressió. Exiliat, Sam Rainsy fou condemnat a presó en absència, i altres líders opositors foren arrestats i empresonats. El novembre del 2017 es prohibí el PNRC. Hun Sen fou revalidat en el càrrec al capdavant del PPC en les eleccions del juliol del 2018, considerades invàlides internacionalment per la il·legalització de partits i líders de l’oposició.