A les illes agrupa Esquerra Unida de Mallorca, Esquerra de Menorca i Esquerra Unida d’Eivissa i Formentera. Després de les eleccions al Parlament Balear del 1999 signà el Pacte de Progrés amb altres partits polítics (PSIB-PSOE, PSM i Unió Mallorquina) i entrà a formar part del Govern Balear. Es féu càrrec de dues conselleries (conselleria de treball i conselleria de benestar social).
El 2003 el PP aconseguí la majoria absoluta i la formació quedà fora del Govern. Es presentà a les eleccions del 2007 dins la coalició Bloc per Mallorca, que incloïa el PSM, els ecologistes i ERCIlles Balears. Aquell any els populars perderen la majoria absoluta i Esquerra Unida passà a formar part del Govern encapçalat per Francesc Antich, amb el PSIB i Unió Mallorquina. N’assumí la Conselleria de Benestar Social i algunes direccions generals. Aquella legislatura, però, fou l’última del Bloc, que es fracturà al final del mandat. El 13 de maig de 2010 part dels militants, que formaven el corrent intern Esquerra XXI, entre els quals hi havia el coordinador de la formació a l’arxipèlag, David Abril, i la major part dels que tenien un càrrec a l’Administració, s’escindiren d’Esquerra Unida. Al juny d’aquell mateix any els escindits formaren un nou partit, Iniciativa d’EsquerresIniciativaVerds, que a partir de l’assemblea constituent del dies 5 i 6 de novembre de 2010 prengué el nom d’IniciativaVerds, que es presentà a les eleccions del 2011 dins la coalició PSM-IV-ExM, mentre que Esquerra Unida hi concorregué pel seu compte. El PP recuperà la majoria absoluta, la coalició d’esquerres aconseguí quatre diputats i Esquerra Unida quedà sense representació al Parlament balear.