Ordenat de sacerdot a Portugal el 1980, fou nomenat nunci apostòlic el 1983 i bisbe de Dili el 1988. Contrari a l’annexió de Timor Oriental per part d’Indonèsia d’ençà de la descolonització portuguesa, ha denunciat la violació dels drets humans d’aquest estat sobre la població autòctona i, amb aquest objectiu, el 1990 creà una comissió especialitzada. El 1989 demanà a l’ONU la convocatòria d’un referèndum d’autodeterminació. El 1996 rebé, juntament amb el periodista José Ramos Horta, compromès en la mateixa causa, el premi Nobel de la pau.