Té el seu origen en l’antic Institut de Filologia Valenciana (IFV), organisme científic de la Universitat de València especialitzat en l’estudi del valencià i creat el 1978 a iniciativa de Manuel Sanchis Guarner, el seu primer director. Després de la mort d’aquest, en foren directors Joan Fuster i Antoni Ferrando. El 1994 es transformà en l’actual IIFV. A més de les finalitats docents i investigadores, l’IIFV té entre les seves competències l’assessorament sobre el fet lingüístic i literari valencià. Canalitza les investigacions pròpies i les col·laboracions amb altres institucions i investigadors, amb una col·lecció de monografies —la Biblioteca Sanchis Guarner—, la col·lecció “Clàssics valencians”, la revista internacional de filologia Caplletra, i la revista de llibres Caràcters. En el conveni de creació s’estableix que, independentment de l’autonomia de cada universitat, aquest serà l’únic organisme que, en nom de totes les universitats que l’integren, podrà assessorar i dictaminar en les matèries filològiques de la seva competència. Ha col·laborat amb l’Administració local i autonòmica, i amb altres institucions i entitats públiques i cíviques, bàsicament, en l’emissió d’informes i dictàmens sobre qüestions lingüístiques, en l’assessorament de treballs d’investigació i en matèria gramatical i lexicogràfica. El nou Reglament s’aprovà en la reunió del 10 de novembre de 2000 i més tard per les juntes de govern i pels consells socials de les tres universitats. Aquest Reglament està novament en procés de modificació com a conseqüència de la posada en vigor de la LOU i dels nous estatuts de les universitats valencianes. Des de l’any 2002 publica la revista Catalan Journal of Linguistics, de periodicitat anual.