Fundat el 21 d’abril de 1931, fou impulsat per un grup de nedadors del Club Natació Atlètic i del Club Natació Barcelona. El primer president fou Adolf Domingo i la primera seu s’establí als Banys Orientals, a la Barceloneta. Inicialment tingué poca incidència en les competicions de natació. Acabada la Guerra Civil, es refundà i el 1941 el FC Barcelona reclutà els seus nedadors per crear una secció de natació, que durà dos anys. El 1943 signà un acord amb l’empresa Baños Populares de Barcelona per a utilitzar una piscina del barri de Gràcia de Barcelona. S’hi mantingué fins el 1969, i el 1972 l’Ajuntament li cedí les instal·lacions municipals Pau Negre – Can Toda. A partir d’aquell moment les seccions de natació i waterpolo progressaren. El 2004, a causa de la renovació de les instal·lacions, les diferents seccions es veieren obligades a renunciar temporalment a competir a primer nivell. Poc després, però, se situaren de nou entre l’elit de la natació i el waterpolo.
La secció de natació guanyà el Campionat d’Espanya per equips en alguna ocasió. A títol indivi-dual, aconseguí 84 títols de campió absolut d’Espanya i 127 títols de campió ab-solut de Catalunya. Destacaren nedadors com Immaculada Tarragó, Tatiana Rouba, María Luisa Fernández, Ivette María o Marc Capdevila.
La secció de waterpolo prengué importància els anys vuitanta. Guanyà set Lligues espanyoles de waterpolo (1988, 1989, 1990, 1992, 1993, 1994, 1998), sis Copes del Rei (1987, 1988, 1990, 1992, 1994, 1997), una Copa d’Europa (1995), una Recopa d’Europa (1992) i dues Supercopes d’Europa (1992, 1995). La secció femenina guanyà dos Campionats d’Espanya (1989, 1991). Per les seves files passaren vint-i-nou esportistes que jugaren amb la selecció espanyola i setze que participaren en uns Jocs Olímpics. Destaquen Manel Estiarte, Jesús Rollán o Sergi Pedrerol.
També practica el triatló i participa en competicions d’àmbit estatal i català. Disposa de sales polivalents, piscina interior i exterior, pistes d’esquaix, frontó, sala de benestar integral i un local a la platja de la Barceloneta.